氨氮是水產養殖中備受關注的一個重要水質指標。養殖水體中氨氮濃度升高，會造成水體富營養化，爆發藍藻，還可能影響水生生物的生長，降低其對不良環境及疾病的抵抗能力，誘發病害。氨氮對水生動物的危害程度取決于其中非離子氨的占比，非離子氨的比例與溫度和pH值有關，我國《漁業水質標準》（GB11607-1989）中非離子氨的限值為0.02mg/L。
水質氨氮污染的來源
1.飼料
我們以一個面積1000m2水深1m的蝦塘為模型，假定飼料CP為40%，投喂1000kg，FCR 1.0，收獲1000kg。我們投入池塘的總氮約1000* 40%*16%=64 kg（蛋白質中的含氮量以16%計），鮮蝦的蛋白以16%計算(實際可能更低)，那蝦體的氮含量約1000*16%*16%=25.6 kg，剩下38.4 kg的氮元素（實際比例往往超過60%）排放到水環境中，以氨氮及其他形式存在于水體中。
2.排泄物的分解轉化過程
有機物的初始分解都是由微生物所分泌的各種酶類作用，如脂肪酶、纖維素酶、蛋白酶、淀粉酶等，這些酶將各種大分子有機物質分解為小分子有機物質，小分子有機物質被吸收進一步分解、利用并轉化，過程中釋放出氨和二氧化碳等無機物，而無機物則被浮游植物和細菌吸收利用或通過碳氮循環途徑轉化。
氨氮超標如何去除？
通過分析氨氮的來路和去路，可以發現，氨氮產生的根本原因是高密度水體中總氮源的投入過量，在條件適宜時候，氨氮能夠順利的轉化；但在某些條件下轉化不暢則引起氨氮的積累。在各種氨氮的去除路徑中，根據去除效率的大小可以分析有三大原因造成氨氮的積累：
1.藻相的結構不合理或藻相老化
藻類對氨氮中離子銨的去除效率極高，池塘水體在藻類豐富、數量合理、種群多樣的情況下，極少有氨氮的積累。造成藻類老化或結構不合理的因素有：
1）缺磷或氮磷總量過高且氮磷比不合理，當氮磷比超過12的時候就極易暴發藍藻。
2）微量元素缺乏；水體富營養化造成藻類快速繁殖，藻類對微量元素的吸收量大且各種藻類對某些微量元素的吸收存在競爭性差異，使得吸收能力強的藻類會越來越多，吸收能力越差的藻類越來越少，最終造成藻相的單一，如爆發藍藻、裸藻、甲藻等。
2.細菌同化吸收弱
細菌對氨氮的吸收效率變動很大，主要受營養和藻類的限制，浮游植物會與細菌競爭無機氮，限制細菌的利用。理論上細菌由于更大的比表面積，在營養條件合適時具有更大的吸收率，當補充碳源到C/N值大于10時，細菌對氨氮的吸收可以超過浮游植物。
3.氨氧化菌轉化不足
氨氧化細菌和氨氧化古菌都能將氨氮轉化為亞硝酸鹽。但這類菌為自養菌，氧化過程中的能量80%都用于固定CO2，而且該反應必須在池塘上層的好氧條件下進行，造成轉化的效率較低，但這個過程是氮元素從池塘中徹底移除出系統的必要步驟。
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